Madalena, filha de nobres e fervorosos cristãos, nasceu em 1611, num povoado muito próximo da cidade de Nagasaki, no Japão. Dizem os antigos manuscritos que era uma jovem bela, graciosa e delicada. Sua família era de fervorosos cristãos e pertencia à nobreza. Ela era muito pequena quando os seus pais e irmãos foram condenados à morte pela fé em Cristo, sendo, antes, brutalmente torturados.

Cresceu educada no seguimento de Cristo, até que, em 1624, conheceu dois agostinianos recoletos, Francisco de Jesus e Vicente de Santo Antônio. Atraída pela profunda espiritualidade dos dois missionários, que se tornaram seus orientadores, Madalena acabou sendo consagrada a Deus como terciária agostiniana recoleta. Desde então, sua roupa de nobre foi substituída pelo hábito e as únicas ocupações foram a oração, a leitura da Bíblia e o apostolado.

Eram tempos muito difíceis. A perseguição enfurecida contra os cristãos crescia a cada dia em sistemática e crueldade. Os padres Francisco e Vicente também foram martirizados. Madalena, porém, não se intimidou. Continuou firme, transmitindo coragem aos cristãos, ensinando o catecismo às crianças e pedindo esmolas e donativos aos comerciantes portugueses, para os pobres e doentes.

Em 1629, procurou refúgio nas montanhas de Nagasaki, partilhando dos sofrimentos e das agonias dessa comunidade. Encorajava para que se mantivessem fortes na fé, e recolocava no caminho do Evangelho aqueles que tinham renegado Cristo sob tortura. Levava consolo para os doentes e ainda batizava as crianças.

Diante da grande renúncia da fé pelos cristãos, aterrorizados com as torturas a que eram submetidos se não a fizessem, e ansiando por unir-se para sempre a Cristo, Madalena decidiu enfrentar os perseguidores. Vestida com o hábito, em setembro de 1634 apresentou-se aos juízes. Levava consigo apenas a Bíblia, para pregar a palavra de Jesus e meditar no cárcere. Os magistrados, admirados com sua beleza e juventude e informados que ela possuía sangue nobre, fizeram-lhe promessas de vida confortável com um vantajoso casamento. Madalena não cedeu, mesmo sabendo das horríveis torturas que sofreria.

Nos primeiros dias de outubro de 1634, foi torturada. Ficou suspensa pelos pés, com a cabeça e o peito submersos em uma fossa. Cada vez que a tiravam do suplício, era solicitada a negar a fé. Em vez disso, Madalena pronunciava os nomes de Jesus e Maria e cantava hinos de glória ao Senhor.

Resistiu a tudo durante treze dias e meio, quando as águas inundaram a fossa e Madalena morreu afogada. Depois, teve o corpo queimado e as cinzas jogadas no mar, para evitar que suas relíquias fossem guardadas pelos cristãos.

Beatificada em 1981, foi canonizada pelo papa João Paulo II em 1987. A celebração de sua memória foi marcada para o dia 20 de outubro. A Ordem Dominicana venera-a no dia 19 de novembro. Em 1989, foi proclamada padroeira da Fraternidade Secular Agostiniana Recoleta.

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